/usr/local/bin/namazu-index-maker という名前の、スクリプトを用意します。
ま、名前は何でも良いのですが。

-------------------------------------------------------------------------
#!/bin/sh
cd /usr/local/namazu/index/hogehoge
/usr/local/namazu/index/hogehoge/mknmz  "http://www.smb.net/~mlist/hogehoge/""/home/mlist/public_html/hogehoge/"/usr/home/mlist/public_html/hogehoge

-------------------------------------------------------------------------

次に、crontab -e として、cron のエディタをたち上げます。
（環境変数EDITORで指定したエディタが立ち上がる。私の場合は、vi です。）
そこで、

-------------------------------------------------------------------------
01 04 * * * /usr/local/bin/namazu-index-maker

-------------------------------------------------------------------------
等としてセーブします。上記の例では、毎日 4時1分に更新します。
内容の確認は、crontab -l で確認します。（See jman crontab cron) 

補足説明。
第一フィールド：分（０〜５９）
毎時、0分、20分40分に実行したい場合は、 0,20,40 * * *の用に "," で区切る。
第二フィールド：時（０〜２３）
第三フィールド：日（１〜３１）
第四フィールド：月（１〜１２）
第五フィールド：曜日（０〜７）
第六フィールド：起動するコマンド